Первые упоминания о поместье в письменных источниках относятся к началу XV века. Имение принадлежало одному из приближенных Дмитрия Донского — Фёдору Свибло. Участник военных походов, он активно занимался организацией строительства Московского Кремля, одна из башен которого названа в его честь.
Слово «свибло» на древнерусском языке означало «шепелявый» или «косноязычный», прежде чем превратиться в фамилию, было прозвищем. В конце жизни боярин попал в опалу, его земли были конфискованы в великокняжескую, а затем царскую казну.
В 1620 году первый царь из рода Романовых, Михаил, пожаловал имение Льву Плещееву за активное участие в организации обороны Москвы от польских войск. На территории усадьбы Свиблово в 1623 году была построена деревянная церковь. Остальные постройки были обычны для имения XVII века — господский дом, баня, мельница, скотный двор и амбары. К постройкам примыкал большой сад с яблонями и грушами, смородиной и малиной.
От отца Льва Афанасьевича Плещеева имение перешло к сыновьям — сначала к Андрею, затем к Михаилу. В 1692 году владелицей имения стала юная Мария Плещеева, её опекуном был Кирилл Алексеевич Нарышкин, видный государственный деятель эпохи Петра I. Девушка умерла в 1704 году в возрасте пятнадцати лет, оставив устное завещание в пользу опекуна. Кирилл Нарышкин сделал головокружительную карьеру, возможную только в эпоху Петра I — царский стольник, он проявил себя в войне со шведами, стал генералом, ответственным за снабжение армии. В дальнейшем он занимал высокие посты, был комендантом Петербурга, затем губернатором Москвы.
В Свиблово началось время преобразований — новый хозяин сделал усадьбу своей загородной резиденцией. Сначала был возведен кирпичный завод, поэтому недостатка в материале не было.
В 1708 году появляется новая церковь из белого камня и кирпича в стиле барокко. Чуть позже рядом была возведена колокольня в классическом стиле. Интересно, что колокол был трофейным наследием Северной войны. Местных крепостных Нарышкин вывез в другие владения, а в Свиблово пригнал пленных шведов, прежде всего мастеровых людей. Господский дом был перестроен, появились солодовенный завод, оранжерея, людской дом. Гордостью Нарышкина был крепостной театр и оркестр роговой музыки. Местные крестьяне славились игрой на духовых инструментах.
Преобразования прекратились в 1721 году, когда Плещеевым удалось отсудить имение. Устное завещание, хоть и заверенное духовником, было признано недействительным. Пётр I не стал вмешиваться в дела своего сподвижника, считая законность превыше всего. Нарышкин был вне себя от гнева — он вложил в усадьбу Свиблово много сил и средств. С досады бывший хозяин вывез из имения всё — от мебели до дверных ручек. Усадьба была разорена, а у Плещеевых не было средств, чтоб её восстановить.
Несколько раз хозяева имения менялись, а в 1782 году его выкупает генерал Н.П. Высотский, племянник Григория Потёмкина. В усадьбе опять начались строительные работы. Два этажа господского дома были перестроены в классическом стиле, появился мезонин. Фасад здания и интерьеры были украшены в стиле ампир.
С начала XIX века в Свиблово начали сдавать дачи в аренду. Имение стало любимым местом отдыха обеспеченных москвичей. В
В 1821 году владельцем поместья становится купец И.П. Кожевников, решивший использовать земли в хозяйственных целях — усадьба Свиблово становится крупным промышленным центром. Вдоль берегов Яузы были возведены 14 корпусов ткацкой фабрики. Предприятие стало градообразующим, вокруг него расположился рабочий посёлок. На фабрике работали 3 тысячи человек. Кожевников закупил иностранные станки, отвечающие последнему слову техники. За короткое время купец стал успешным промышленником.
После революции в господском доме устроили общежитие для семей военнослужащих и революционный комитет. Флигели использовали как цеха для мастеровых. Только в 1938 году была закрыта церковь, разрушены купола. Во время Великой Отечественной войны был полностью вырублен парк. Постепенно территория усадьбы превратилась в склад строительного мусора.
В 1994 году после сильного пожара оставшиеся руины усадьбы Свиблово были переданы Русской Православной Церкви. Начались реставрационные работы, был восстановлен парк, очищены пруды, возрожден храм.