Упоминания о церкви на берегу речки Самородинки в селе Никольское появились в середине XIV века. В 1907 г. была сооружена и освящена в честь святителя Николая Чудотворца небольшая каменная церковь вмещающая до 300 человек. В
После начала строительства на другом берегу речки Самородинки комплекса зданий «Олимпийской деревни» в 1979 г. вся прилегающая местность была превращена в парковую зону, остов разрушенного храма был окончательно снесен вместе с прилегающим кладбищем.
Идея строительства храма при МГИМО появилась в 1999 году. В 2005 году строительство храма благословил патриарх Алексий, тогда же было решено посвятить его памяти Александра Невского. Храм при МГИМО был построен в рамках программы «200 храмов в Москве», реализуемой с 2010 года.